O micrótomo é um dos aparelhos mais antigos do acervo do Museu. Seu nome se deve ao fato dele conseguir realizar cortes de tecidos em espessuras da ordem de micrômetros (μm). Pra que isso aconteça esse material é previamente fixado em produto químico (formaldeído) com o propósito de conservar íntegras as estruturas celulares por muito tempo. Em seguida, esse mesmo material é mergulhado em parafina líquida quente, que se solidifica ao esfriar. O bloco formado então pode ser submetido a cortes seriados como lâminas de aço que tem de ser afiadas com perfeição. A parafina é então removida e as fatias de tecido são transferidos para lâminas e observados, por fim, em microscópios.

O afiador de navalhas de histologia, presente no acervo do Museu, foi um aparelho ideal para deixar as lâminas prontas para todo esse processo. Por fim, destaca-se que o micrótomo ainda pode ser utilizado em laboratórios contemporâneos, com a diferença que as lâminas utilizadas hoje são descartáveis.